Les variables de type primitif sont affectées par valeur, cela veut dire que chaque fois qu'on accédera à ces variables on obtiendra la valeur qui y est contenue.

Démo
	var v1,v2;
	v1=5;
	v2=5;
	console.log(v1);
	console.log(v2);
	console.log(v1 == v2);

La comparaison se fait sur les contenus des variables, les contenus étant identiques la comparaison renvoie true.

Les variables de type référence sont affectées par adresse (ou référence), cela veut dire que chaque fois qu'on accédera à ces variables on visera leur adresse sur la RAM.

Démo
	var v1,v2;
	v1=[1,2,3,4,5];
	v2=[1,2,3,4,5];
	console.log(v1);
	console.log(v2);
	console.log(v1 == v2);

La comparaison se fait sur les adresses et non les contenus, les adresses des variables v1 et v2 sont différentes et la comparaison renvoie donc false.

Quand on utilisera des types références on utilisera const pour déclarer les variables.